После разрушительного взрыва лун Кроноса, который лишил клингонов практически всех ресурсов для существования, Федерации и Клингонской Империи предстоит перейти от вражды к миру. Капитан Кирк и его команда "Энтерпрайза" получают задание сопроводить канцлера Клингона на исторические мирные переговоры. Однако во время путешествия происходит нападение, канцлер убит, и обвинения падают на Кирка с МакКоем. Их приговаривают к заключению на астероиде, но капитан уверен в заговоре против мира между двумя империями.
Киру удаётся убедить клингонского генерала Марока в его невиновности и вместе они начинают расследование. Вскоре становится ясно, что за нападением стоит группа радикалов, желающих сорвать мирное соглашение. Кирк и Спок с командой "Энтерпрайза" объединяются, чтобы раскрыть заговор и предотвратить войну.
Фильм "Звездный путь 6: Неоткрытая страна" стал последним в серии фильмов о капитане Кирке и его экипаже. Это история перехода от старых врагов к новым альянсам, где даже самые непреклонные противники могут найти общий язык ради мира.