Фильм "Унабомбер" рассказывает историю Теодора Качинского, известного как Унабомбер, американского математика, который превратился в одного из самых разыскиваемых террористов. В детстве он проявлял выдающиеся способности и уже в 16 лет был зачислен в Гарвардский университет. Позже Качинский получил докторскую степень по математике и стал преподавателем, но вскоре ушел с академической карьеры.
Переезд в отдаленный район Монтаны должен был стать началом новой жизни в гармонии с природой, однако строительство дороги рядом с его хижиной вызвало бурю эмоций. Теодор решил бороться против прогресса и технологий, которые, по его мнению, угнетали человека. С 1978 по 1995 год он отправил множество бомб в университеты и авиакомпании, что привело к жертвам и многочисленным травмам.
ФБР ведет охоту на Унабомбера, используя кодовое название "Унабом". Расследование оказывается сложной задачей, но после публикации манифеста Качинского его брат узнает в тексте стиль письма Теодора и обращается в ФБР. Это приводит к разгадке личности террориста.
Качинский не признавал себя невменяемым и отвергал попытки своих адвокатов использовать это как аргумент для избежания смертной казни. В итоге он соглашается на сделку, признает вину и получает пожизненное заключение без права на условно-досрочное освобождение.
Фильм фокусируется на противостоянии между личными убеждениями Качинского и жестокостью его действий, а также на сложной работе агентов ФБР по поимке одного из самых хитрых преступников своего времени.