"Интимный дневник" - это история Нагико, женщины, увлеченной искусством каллиграфии и литературой. С ранних лет она восхищалась творчеством Сей Сёнагон, авторки "Записок у изголовья". После бегства от жестокого супруга Нагико стремится к свободе, наслаждаясь жизнью, чтением книг и сменой партнеров. Она также ищет вдохновение для своего искусства, пишущего тексты на телах мужчин.
Её английский возлюбленный Джером предлагает использовать моделей как живые страницы для её произведений. Это приводит к идее мести издателю, который когда-то поступил с ней нечестно. Нагико создаёт серию книг, где каждый том посвящён одному из любовников - всего тринадцать мужчин, тринадцать тел и тринадцать литературных работ.
Последняя книга в этом цикле становится символической "Книгой Смерти", подводящей к развязке интригующей истории о страсти, искусстве и желании отомстить.