После победы над Ханом и создания планеты Генезис капитан Джеймс Т. Керк сталкивается с личной трагедией: его друг Спок погиб, защищая "Энтерпрайз". Но надежда возрождается, когда выясняется, что разум Спока переместился в тело доктора Мак-Коя, который теряет рассудок. Отец Спока, Зарек, приносит эту новость Керку, и капитан решает спасти своих друзей, угоняя "Энтерпрайз", предназначенный к утилизации. Их цель - планета Генезис, где находится разум Спока. Однако Федерация установила карантин над этой зоной, а на подходе клингоны, возглавляемые командиром Крюге, также стремящиеся завладеть секретами Генезиса. Встреча с врагами неизбежна, и экипаж "Энтерпрайза" готовится к новому бою ради спасения Спока и предотвращения угрозы для всего человечества.
