Фильм "Глубоководные" переносит зрителей на берег моря, где молодая пара решает снять квартиру. Их новые соседи вызывают подозрения, а вокруг происходят загадочные и пугающие события. Главные герои вскоре узнают, что стали частью темной истории, связанной с культом, поклоняющимся таинственным существам из глубин океана.
Эти существа известны как Глубоководные - гуманоидные амфибии, вдохновленные творчеством Лавкрафта. Они обладают рыбьей внешностью и способны на связь с людьми, порождая гибридов. Потомки таких союзов живут среди людей, но в зрелом возрасте начинают проявлять признаки амфибий и уходят под воду.
В центре сюжета оказывается город Иннсмут, где Глубоководные играют ключевую роль. Они связаны с мифами о многомерном Р'льехе и подводном городе Й'ха-нтлей, а также с Эзотерическим Орденом Дагона и существами Отец Дагон и Мать Гидра.
Герои фильма оказываются втянутыми в эту древнюю и опасную игру, где каждый их шаг может привести к раскрытию страшной тайны или же стать последним. Их борьба за выживание и понимание того, что происходит вокруг, становится центральным конфликтом картины, ставки в которой невероятно высоки.