В центре сюжета фильма "Протеже" - Куин, владелец скромного супермаркета, который на самом деле является крупным наркодилером. Его жизнь кажется безоблачной: у него две дочери и беременная жена, которая ничего не знает о темной стороне его бизнеса. Ник, молодой человек, работающий в магазине, становится для Куина чем-то большим, чем просто сотрудник - он становится его протеже.
Однако Ник скрывает от своего наставника свою настоящую профессию: он под прикрытием, полицейский, стремящийся вывести на чистую воду преступную сеть. В этой роли ему приходится балансировать между лояльностью Куину и выполнением своих обязанностей. Сложность ситуации усугубляется тем, что Ник начинает испытывать искреннюю привязанность к своей новой семье.
Куин доверяет Нику, но не раскрывает перед ним всех карт своего бизнеса, что вызывает беспокойство у молодого полицейского. Ему необходимо собрать доказательства против Куина, чтобы предотвратить возможные риски для себя и своей под прикрытием карьеры. Но чем больше он узнает о делах наркодилера, тем сильнее осознаёт, что его личная жизнь переплетается с миром преступности.
Сюжет фильма "Протеже" погружает зрителя в мир моральных дилемм и опасностей под прикрытием. Ник должен решить, на чьей стороне он останется: будет ли он защищать семью, которая его приняла, или же выполнит свой долг перед законом?