В центре сюжета фильма "Сердце знает" - Мануэль, чья жизнь кардинально меняется после пересадки сердца. Новый орган не просто спасает ему жизнь, он словно открывает дверь в другой мир, заставляя его ощутить нечто большее, чем просто физическое облегчение. Мануэль начинает замечать странные изменения в своем поведении и восприятии мира - чувства, которые кажутся ему чуждыми.
Стремление понять происходящее с ним приводит к решению выяснить больше о человеке, который стал его донором. Это желание приводит Мануэля к встрече с Вале, овдовевшей женщиной, которая была близка с тем самым донором. Их знакомство открывает перед Мануэлем новый круг общения и позволяет ему заглянуть в жизнь человека, сердце которого теперь бьется в его груди.
Вале, столкнувшаяся с потерей любимого человека, находит утешение в неожиданной дружбе с Мануэлем. Она видит в нем отголоски своего мужа и начинает делиться с ним воспоминаниями о былой жизни донора. Их отношения углубляются, и Мануэль чувствует, как его собственная жизнь переплетается с жизнью умершего человека.
По мере развития их знакомства, Мануэль осознаёт, что не просто носитель чужого сердца - он становится частью истории этого сердца, его прошлого и возможно будущего. Фильм исследует темы идентичности, потери и связи между людьми через уникальную историю пересадки сердца, которая меняет жизнь двух людей навсегда.