В центре сюжета фильма "Настольная книга анархиста" - группа анархистов из Далласа, которые ведут тихую жизнь в своей коммуне. Однако их привычный уклад нарушается с появлением нового члена коллектива - Джонни Блэка, человека с радикальными взглядами и нигилистическими убеждениями. Блэк утверждает, что он один знает истинную суть анархии и готов показать, насколько далеко может зайти настоящий бунтарь в своем стремлении к протесту.
Джонни Блэк привносит в жизнь коммуны хаос и беспорядок. Его экстремальные идеи и действия вызывают споры среди анархистов, которые до этого момента стремились к мирному сосуществованию и отстаиванию своих взглядов без насилия. Взаимодействие с Блэком заставляет каждого из участников коммуны переосмыслить свои убеждения и определить границы собственной готовности бороться за идеалы анархии.
Фильм исследует тему анархизма, его философию и практику через призму персонажа Джонни Блэка. Сюжет поднимает вопросы о том, что такое настоящий бунт против системы и какие методы могут быть оправданы в борьбе за свободу. Коммуна служит микрокосмом общества, где разворачивается внутренний конфликт между желанием изменить мир через радикальные действия и стремлением к гармонии и взаимопониманию внутри группы.