В центре сюжета фильма "Толерантность" - сложные взаимоотношения в вымышленном городе Парилон, который расположен в государстве Франглия. Главная героиня - трансгендерная женщина, дочь местного пастора, сталкивается с непониманием и отторжением со стороны отца и его друзей: винодела и шеф-полиции. Когда церковные власти запрещают пастору вести службы из-за его дочери, он принимает решение выгнать её из дома.
Ситуация в городе осложняется появлением лагеря беженцев, что приводит к росту напряжённости на улицах Парилона. Героиня становится жертвой жестокого нападения: она кастрирована и распята на фасаде церкви, но чудом выживает и попадает в психиатрическую клинику. Отец отказывается искать виновных, тогда как шеф полиции начинает собственное расследование.
В это время дочь винодела подвергается насилию со стороны беженцев, что приводит к трагическим последствиям: отец девушки захватывает заложников в лагере. Шеф полиции пытается предотвратить кровопролитие и вынужден стрелять в своего друга, после чего сам оказывается за решёткой.
Фильм "Толерантность" поднимает актуальные вопросы толерантности и мультикультурализма, показывая, как сложно найти баланс между уважением к личным свободам и обеспечением безопасности общества.