В эпоху Гражданской войны на юге России разворачивается драматическая история подпольщицы Марии. Её жизнь переплетается с агитационной работой среди иностранных моряков, когда она встречает Пабло - испанского матроса. Между ними вспыхивает страсть, но их отношения сталкиваются с непониманием и неодобрением со стороны родственников Марии и её товарищей по подполью.
Мария, полная решимости бороться за свои убеждения, вступает в конфликт с консервативными взглядами окружающих. Её чувства к Пабло ставят под угрозу не только личную жизнь, но и безопасность в опасные времена гражданской войны. Мария должна выбрать между любовью и долгом, между личным счастьем и борьбой за будущее своей страны.
Фильм "Салют, Мария!" основан на реальной биографии Марии Фортус, советской разведчицы, и показывает сложность моральных выборов в условиях революционной борьбы.