В центре сюжета фильма "Настоятель" - трагическая гибель отца Михаила, настоятеля церкви в маленьком городке. После его смерти на место приходит новый священник, отец Андрей, который решает взять под контроль местную преступность с помощью силы слова и веры. Однако он скрывает свое темное прошлое: ранее он был влиятельным криминальным авторитетом из Санкт-Петербурга.
Городом заправляет Агафонов - богатый наркоторговец, чьи боевики держат в страхе всех жителей. Когда становится известно о прошлом отца Андрея, начинается противостояние между ним и преступным кланом Агафонова. Отец Андрей, осознавая свою вину перед Богом и помня помощь, которую ему оказал отец Михаил, решает встать на путь исправления, используя свое прошлое для борьбы с злом.
Борьба священника против преступного мира разворачивается на фоне его внутренней борьбы за искупление. Отец Андрей понимает, что единственный способ спасти город и свою душу - это противостоять Агафонову, несмотря на все риски. Его миссия становится еще более сложной, когда он осознает, что для победы ему придется использовать не только слово Божие, но и свои прежние связи в преступном мире.
