Фильм "Агнес и его братья" рассказывает о трех непохожих братьях, чьи жизни переплетаются вокруг их эксцентричного отца. Главный герой, Агнес, - транссексуал, который сталкивается с трудностями в поиске своего места в мире после смены пола и под давлением своей властной партнерши.
Второй брат, Ханс-Йорг, работает библиотекарем и на первый взгляд кажется милым и скромным человеком. Однако его внутренний мир далеко не так безмятежен: он страдает от сексуальных комплексов и неуверенности в себе, что приводит к проблемам во взаимоотношениях с женщинами.
Третий брат, Вернер, занимает высокий пост политика, но его личная жизнь далека от идеала. У него натянутые отношения с сыном и женой, что добавляет дополнительное напряжение в их семейные узы.
Каждый из братьев пытается найти свое предназначение и счастье, несмотря на внутренние конфликты и внешнее давление. Их пути пересекаются, но каждый из них должен пройти свой путь к самопознанию и принятию себя такими, какие они есть.