В центре сюжета - Барон Франкенштейн, который, казалось бы, обречен на смерть в 1860 году: его ведут к гильотине за преступления против природы и человечества. Однако он находит способ избежать казни, заключив сговор с палачом и охранником тюрьмы. Новый виток жизни начинается для Франкенштейна в Карлсруэ, где он становится уважаемым врачом, хотя и не желает входить в местную медицинскую ассоциацию.
Барон успешно лечит богатых пациентов, но также открывает отделение в больнице для бедных, предоставляя им бесплатные услуги. Это приносит ему уважение со стороны общества, которое не подозревает о его тайной деятельности. В действительности, работа с нуждающимися дает Франкенштейну возможность получать необходимые человеческие органы и части тел для своих запретных экспериментов.
Фильм "Месть Франкенштейна" является прямым продолжением истории Барона Франкенштейна, показывая его новые приключения и борьбу с моральными дилеммами, которые неизбежно возникают на пути к достижению своих амбициозных целей.