В центре сюжета фильма "Специальное отделение" - трагическая история четырех молодых французов, обвиненных в убийстве немецкого морского офицера во время нацистской оккупации Парижа. Действие разворачивается в период правления профашистского правительства Виши, когда политический террор и репрессии достигают своего апогея.
Подозреваемые арестованы и подвергаются жестоким пыткам. Несмотря на отсутствие убедительных доказательств их вины, они приговариваются к смертной казни через гильотину. Суд над молодыми людьми ведется специальным подразделением судей, которые без колебаний выполняют приказы режима, не интересуясь поиском истины.
Фильм показывает, как в условиях тоталитаризма правда и справедливость становятся заложниками политической конъюнктуры. Герои картины - идеалисты, готовые бороться против тирании, но их судьба оказывается предрешена в мире, где власть безжалостно подавляет любое проявление свободы.
Режиссер Коста-Гаврас через этот фильм освещает тему борьбы за человеческие ценности и права в условиях репрессий. Картина основана на реальных событиях и книге Эрве Виллере, что придает ей особую актуальность и глубину.