В конце XIX века Япония стоит на пороге бурь: в стране зреет конфликт между сторонниками реставрации императорской власти и теми, кто поддерживает власть сёгуна. В Киото обстановка накаляется, беспорядки становятся всё более частыми, а местная полиция оказывается неспособной справиться с ситуацией. На фоне этих событий князь Айзу принимает решение о создании нового военизированного формирования - шинсенгуми. Эта организация призвана восстановить порядок в столице и укрепить позиции сёгуната.
Шинсенгуми, состоящий из отважных самураев, начинает свою деятельность с жёстких мер по подавлению беспорядков. Однако их действия лишь разжигают огонь противостояния: противники сёгуната не собираются мириться с утратой своих позиций и готовят ответный удар. Они разрабатывают дерзкий план - похищение самого императора, что могло бы стать роковым ударом для сёгуната.
Фильм "Синсэнгуми: Последние дни сёгуната" погружает зрителя в атмосферу предреволюционной Японии, показывая борьбу за власть и влияние через призму жизни и смерти одного из самых известных военизированных формирований в истории страны. Сюжет картины следует за развитием событий, которые приведут к переломному моменту в истории Японии - реставрации Мэйдзи и падению сёгуната.