В фильме "Эскадроны смерти" рассказывается о путешествии доктора Фуэнтеса в поисках своих учеников, которые отправились на практику в отдаленные тропические деревни и пропали без вести. Встреча с одним из них, превратившимся в наркомана, побуждает Фуэнтеса начать свое опасное путешествие. Он не подозревает о том, что его ждет, когда отправится через джунгли в поисках остальных.
По мере продвижения по неизведанным тропам, доктор сталкивается с ужасающей правдой: его ученики стали жертвами жестоких событий. В глубине джунглей он обнаруживает могилы своих воспитанников и узнает о кровавых деяниях так называемых "эскадронов смерти" - вооруженных групп, занимающихся внесудебными убийствами, пытками и похищениями людей. Эти группы действуют в интересах политических репрессий, этнических чисток и контрреволюционного террора, часто с молчаливого согласия или даже поддержки государства.
Фуэнтес сталкивается с жителями деревень, которые живут в постоянном страхе перед насилием. Их рассказы о практике отчаянных целителей открывают ему глаза на реальность, в которой они вынуждены существовать. Доктор понимает, что его миссия не только найти своих учеников, но и стать свидетелем ужасов, которые происходят вокруг него.
Фильм исследует темы насилия, политического террора и морального выбора человека перед лицом зла. Путешествие Фуэнтеса становится метафорой поиска истины в мире, где добро и зло переплетены самым неожиданным образом.