Фильм "Армия теней" переносит зрителя в период Второй мировой войны, где разворачивается напряженная борьба французского Сопротивления против нацистских оккупантов. В центре сюжета - Филипп Гербье, один из ключевых фигур сопротивления, который уже дважды сумел уйти от преследования гестаповцев. Его верный соратник и друг Матильда помогает ему в этом нелегком деле, становясь опорой в борьбе против врага.
Вместе они возглавляют группу, которая наносит точные удары по немецким войскам, вызывая беспокойство у противника. В ответ на активные действия сопротивления гестапо разрабатывает хитрую операцию, результатом которой становится захват дочери Матильды в заложники. Немцы предлагают Матильде жестокий выбор: либо она предает свою организацию, либо теряет дочь.
Матильда оказывается перед мучительным решением, которое может стоить ей всего дорогого. Она обращается к Филиппу с предложением, которое ставит под угрозу всю их борьбу и личные убеждения каждого из них. Фильм показывает сложные моральные дилеммы и тяжелый выбор, который приходится делать людям в условиях войны, где каждая ошибка может привести к катастрофическим последствиям не только для самих участников сопротивления, но и для их близких.