Фильм "Цветы для Элджернона" рассказывает о Чарли Гордоне, умственно отсталом уборщике, который становится участником эксперимента, цель которого - повышение интеллекта. Вдохновением для него служит мышь по кличке Элджернон, чьи способности были значительно улучшены благодаря научным разработкам.
Чарли испытывает глубокую связь с Элджерноном, ведь их судьбы неразрывно связаны: оба стали объектами эксперимента. С течением времени интеллект Чарли начинает расти, и он осознаёт окружающий его мир всё более полно и глубоко.
Новые знания позволяют ему задавать сложные вопросы о смысле жизни, любви и человеческих отношениях. Он учится читать и писать, посещает курсы для взрослых, а затем поступает в университет. Там он знакомится с профессором, которая помогает ему вести дневник, отражающий его внутренний мир и мысли.
Чарли начинает осознавать социальные неравенства и личные трагедии, которые раньше были для него непостижимы. Он вступает в отношения с женщиной, но их связь оказывается непростой из-за его нового статуса и изменений в общественном восприятии.
Однако радость от новых открытий омрачается осознанием временности своего интеллектуального прогресса. Чарли понимает, что изменения, произошедшие с Элджерноном, были необратимыми - мышь со временем начала терять свои способности. Это заставляет его задуматься о собственной судьбе и возможной потере достигнутых высот.
Фильм исследует глубокие философские вопросы о природе интеллекта, человечности и ценности знаний, а также о том, что значит быть человеком в мире, где умственные способности могут быть улучшены искусственным путём.