В далеком прошлом чешские реки кишели "водяными" - мифическими существами, обитающими в водной стихии. Но времена изменились, и теперь осталось всего лишь две династии этих загадочных существ: Водичковы и Вассермановы. Алоиз Водичка, водолаз из последних "водяных", получает право на спасение утонувшего автобуса с иностранными учеными возле вышеградского тоннеля. Его дом был уничтожен по воле Доктора Мрачека, чиновника, который теперь стал объектом мести для обиженного водолаза.
После героического поступка Алоиза, местные жители решают отомстить Доктору Мрачеку за его жестокость и бесчувственность. Они планируют утопить его, используя древние знания "водяных". Водная стихия должна вернуть должок человеку, который не уважает ее обитателей.
В этом фантастическом комедийном фильме режиссер Вацлав Ворличек представляет зрителям смесь мифологии и повседневной жизни, где добро и зло сталкиваются в забавных и неожиданных ситуациях. "Как утопить доктора Мрачека" - это история о мести и справедливости, о том, как прошлое может вернуться и потребовать ответа за содеянное.