В центре событий картины "Топор. 1944" - разведгруппа под руководством Одинцова, которая выполняет задание в глубоком тылу врага. Их миссия заключается в переправке через линию фронта молодого человека по имени Савичев, происхождение и цель которого остаются неизвестными даже для самого Одинцова.
После трудного ночного перехода разведчики сталкиваются с неожиданным препятствием: Иван Родин ловит воришку - мальчика Марко, который бежал из госпиталя. От него они узнают о том, что в госпитале у детей брали кровь. Это открытие заставляет группу изменить планы и спасти других детей, оказавшихся в похожей ситуации.
Спасение детей усложняет задачу группы - теперь им необходимо найти безопасное место для всех малышей до наступления своих войск. Родин вспоминает о своем учителе из одного из сел и предлагает укрыться в местной школе, где директор с самого начала войны прятал цыганские семьи, притворяясь сторонником немцев.
Разведгруппа решается на рискованный шаг - радист выходит на связь, чтобы сообщить о спасении детей и передает свои координаты. Это приводит к тому, что немецкие войска начинают активные поиски в районе школы. Директор schoolschool сообщает об отсутствии проблем, но вскоре детский плач выдает их присутствие, и на школу обрушивается штурм.
Фильм "Топор. 1944" погружает зрителя в напряженную историю о мужестве, самопожертвовании и борьбе за жизнь невинных во время войны.