В центре сюжета фильма "Можжевеловое дерево" - две сестры, Катла и Маргит, обладающие магическими способностями. Трагедия настигает их, когда мать сгорает на костре инквизиторов, и девушкам приходится бежать от преследования. В поисках убежища они встречают семью, где недавно умерла женщина, и Катла начинает заводить отношения с главой этой семьи - Йоуханном.
Старшая сестра Маргит не одобряет этих связей и использует свои колдовские умения для манипуляции событиями. Особенно остро встаёт конфликт с сыном Йоуханна, Йоунсом, который чувствует угрозу своему положению и отцу. Вражда между ним и Маргит приводит к серии трагических событий, где магия играет ключевую роль.
Фильм сочетает в себе элементы драмы и фэнтези, исследуя темы предательства, любви и мести через призму народных сказок. Сюжет фильма основан на немецкой народной сказке "Можжевеловое дерево" братьев Гримм, что придаёт ему мистический оттенок и глубину.