В порту Сан-Педро молодой морской офицер Том Мерриам готовится к новому этапу своей карьеры - он становится третьим помощником капитана на торговом судне "Альтаир". Однако перед тем как подняться на борт, его встречает загадочный слепой нищий, который предостерегает о том, что корабль принесёт ему несчастье. Том воспринимает эти слова как суеверия и отмахивается от них.
Скоро после отплытия "Альтаира" начинается череда ужасных событий: один за другим члены экипажа находят свою смерть, и Мерриам понимает, что на борту происходит нечто противоестественное. Подозрения падают на капитана Уилла Стоуна - человека, одержимо стремящегося к власти и безграничному контролю над своими подчинёнными.
Сюжет фильма "Корабль-призрак" наполнен мистическими элементами, где реальность переплетается с легендами о кораблях-призраках - суднах, плавающих в океане без живых душ на борту. В истории мореплавания есть случаи, когда такие суда действительно обнаруживались, оставляя после себя множество неразгаданных тайн и вопросов.
Том Мерриам пытается разгадать тайну происходящего на "Альтаире", сталкиваясь с всё более запутанной сетью интриг и смертей. Капитан Стоун кажется ключом к разгадке, но его действия и мотивы остаются неясными. Мерриам должен использовать все свои навыки и смекалку, чтобы выжить и раскрыть истину о проклятии "Альтаира", прежде чем станет слишком поздно для него самого.
Фильм затрагивает тему борьбы человека с неизвестным и его внутренними демонами в условиях изоляции и страха. Мерриам должен не только спасти себя, но и понять, что же на самом деле представляет собой корабль-призрак - миф или ужасающая реальность, которая угрожает каждому, кто осмелится ступить на его борт.