В центре сюжета фильма "Секретный агент" находится Ли Джон-чхуль, кореец, который служит одним из лучших следователей в японской оккупационной полиции Кореи. Это происходит в 1929 году, когда страна находится под властью японских колонизаторов. Прошлое главного героя окутано тайной: до службы в полиции он был активным участником подпольного движения.
Всё меняется, когда Ли получает информацию о готовящемся теракте. Подпольщики планируют переправить динамит из Шанхая с целью взорвать центр Кёнсона. Это ставит его перед моральным выбором: с одной стороны, он разделяет идеалы своих бывших соратников и стремится к свободе своей родины, с другой - профессиональный долг обязывает предотвратить кровопролитие.
Ли должен решить, что важнее для него: личные убеждения или служебный долг. Его внутренний конфликт усугубляется осознанием того, что предотвращение теракта может привести к подрыву доверия среди своих бывших соратников по борьбе и раскрытию своего прошлого.
Фильм исследует сложные моральные дилеммы, с которыми сталкивается герой, находясь между необходимостью защищать свою страну от тирании и обязанностью выполнять приказы оккупантов. Это история о выборе, который может иметь далеко идущие последствия для жизни главного героя и будущего его страны.
