В 1938 году, во времена японской оккупации в Кёнсоне, что было старым названием Сеула, молодая девушка Чу-ран, страдающая чахоткой, поступает в престижный Кёнсонский лицей. Она принимает имя Сидзуко, так как управление пансионом находится в руках японцев и требуется от всех воспитанниц иметь японские имена. Со временем Чу-ран узнаёт о загадочном совпадении: до её прихода в школу уже была девочка с таким же именем, которая якобы уехала домой.
С каждым днём девушка всё глубже погружается в атмосферу тайны и страха, витающую в стенах учебного заведения. Она начинает замечать странные события и необъяснимые явления, которые не могут быть просто плодом её больного воображения. По мере того как Чу-ран пытается разгадать загадку исчезновения предыдущей Сидзуко, она сталкивается с серией мистических происшествий, которые заставляют её сомневаться в реальности окружающего мира.
В поисках ответов девушка обнаруживает, что школа Кёнсон скрывает тёмные секреты, связанные с прошлым и настоящим учениц. Её расследование приводит к открытию ужасающей правды о судьбе пропавших без вести девочек. Чу-ран понимает, что только раскрыв эти тайны, она сможет спасти не только себя, но и других воспитанниц от мрачного будущего.
Фильм "Школа Кёнсон: Пропавшие без вести" погружает зрителя в атмосферу мистического ужаса и напряжённого расследования, где каждый шаг героини приближает к разгадке страшной тайны, окутывающей старинное здание лицей.