В "Годзилла против Биолланте" ученый Шурагами создает суперорганизм Биоллант, используя радиоактивные клетки Годзиллы. Этот эксперимент привлекает внимание международной мафии, жаждущей заполучить мощное оружие. Параллельно извержение вулкана приводит к пробуждению Годзиллы, который до этого находился в спячке на дне Токийского залива. Жители Японии охвачены паникой: столкновение двух гигантов становится неизбежным, и только один выживет.
Военные готовят новое оружие "Супер Икс-2", чтобы уничтожить победителя предстоящей битвы. В то время как Биоллант стремительно растет и мутирует, Годзилла поднимается из морских глубин, готовый защитить свою территорию. Столкновение двух титанов обещает быть эпическим, а исход борьбы - неопределенным. Судьба Японии висит на волоске, и каждый выбор героев может повлиять на ход событий.