В центре сюжета фильма "Угроза исчезновения видов" - полицейский детектив Рубен Кастл, который прибывает в Баффало ради встречи со своей несовершеннолетней дочерью. Однако его визит принимает неожиданный оборот, когда он узнаёт о тревожных событиях, происходящих в городе.
Местные жители охвачены паникой из-за массовой гибели скота - животные находятся без внутренних органов, что вызывает множество домыслов и слухов. Среди прочего, говорят об инопланетянах и сатанинских ритуалах. Шериф Гарриет Пурду, обеспокоенная подобными случаями, начинает собственное расследование.
Кастл решает поддержать шерифа в его поисках истины. Их совместные усилия приводят к открытию, которое потрясает до глубины души: на заброшенной военной базе проводились секретные испытания нервно-паралитического газа, отходы которых попали в атмосферу Баффало и стали причиной гибели животных.
Шериф Пурду делает вывод о том, что именно эти эксперименты виноваты в происходящем бедствии. Она решается сообщить об этом правительству, но вместо ожидаемой поддержки сталкивается с попытками уничтожить свидетелей и скрыть правду от общественности.
Фильм погружает зрителя в атмосферу напряжённого расследования и борьбы за выживание истины против мощной государственной машины.
