В 1966 году астронавты Глен и Фуджи получают задание от ООН исследовать таинственную Планету Х. Прибыв на место, они обнаруживают гуманоидов, живущих в страхе перед Монстром Зеро, который вынуждает их скрываться под землей. В ходе одного из нападений монстра астронавты опознают в нём Кинг Гидору. Земля отправляет на помощь Годзиллу и Родана, которые успешно побеждают чудовище. Однако вскоре становится ясно, что местные жители имели свои причины для просьбы о помощи: они планировали использовать могучих существ для своих целей. Фильм "Годзилла против Монстра Зеро" сочетает в себе фантастические приключения с элементами комедии и является шестым фильмом о Годзилле, третьим о Родане и вторым о Кинг Гидоре.
