В центре сюжета фильма "Канарис" - фигура адмирала Вильгельма Канариса, возглавляющего немецкую военную разведку в период Второй мировой войны. Абвер под его руководством успешно выполняет свои задачи, получая от Гитлера значительные финансовые ресурсы. Однако Канарис не разделяет идеологию нацистов и держится в стороне от их кругов.
Вокруг влиятельного адмирала разгорается борьба за власть. Одним из его главных соперников является Рейнхард Гейдрих, руководитель Главного управления имперской безопасности. Их противостояние усугубляется различиями во взглядах на методы ведения войны и контроля над государством.
Фильм "Канарис" раскрывает сложные отношения между ключевыми фигурами Третьего рейха, показывая, как личные убеждения и политические интриги влияют на ход истории.