В центре сюжета фильма "Путь через Дунай" - история молодого словака Виктора Лесы, который в период на границе 1939-1940 годов занимается перевозкой почты между Словакией и нацистской Германией. Его маршрут пролегает до железнодорожного узла Люнденбург, где Виктор знаком с работниками сортировочной станции, среди которых моравский еврей Франтишек Тихачек.
Однажды друзья решают подшутить над военной корреспонденцией, что приводит к нежелательному вниманию гестапо. Виктор и Франтишек вынуждены бежать в Словакию, но даже там они не находят пристанища из-за растущей опасности. Их единственный путь - пересечение Дуная в направлении Венгрии, Будапешта, а затем через Югославию.
Их путешествие оказывается полным опасностей и трагедий. Виктор и Франтишек сталкиваются с необходимостью искать помощь у различных людей, которые не всегда действуют бескорыстно. Каждый шаг может стать последним в их борьбе за выживание на фоне разгула войны и преследований.
