В фильме "Парень по имени Джо" рассказывается история майора Пит Сэндиджа, пилота бомбардировщика времен Второй мировой войны, который погибает во время одного из боевых вылетов. Однако смерть не становится для него концом: он оказывается в потустороннем мире, откуда может наблюдать за событиями на Земле, но уже не имеет возможности влиять на них.
Сэндидж обретает новую роль - ангела-хранителя для молодого летчика ВВС капитана Теда Рэндалла. Он стремится помочь своему подопечному выжить в опасных воздушных боях и стать лучшим пилотом. Однако ситуация осложняется, когда Сэндидж замечает, что Рэндалл начинает испытывать чувства к Доринде - бывшей невесте самого Сэндиджа.
Перед майором встаёт непростой выбор: продолжать заботиться о Теде и тем самым мешать его счастью или отступить, позволив молодому пилоту построить отношения с женщиной, которую он когда-то любил. Сэндидж понимает, что теперь его задача - не только защищать Рэндалла, но и помочь ему обрести личное счастье, даже если это принесёт ему собственные страдания.
Фильм исследует темы любви, жертвы и бессмертной связи между людьми, показывая, как даже после смерти можно влиять на жизни других, оставляя след в их сердцах.