В мире подводных красот кораллового Рифа обитает отважный Пай, который уверен в неизбежности конфликта с соседствующими акулами. В то время как остальные жители Рифа предпочитают мирное сосуществование и не желают воевать, Пай решает подготовиться к возможной угрозе. Он начинает тренировки по самообороне, но оказывается в роли единственного ученика мудрой черепахи Нерисса.
Ситуация меняется с приходом на Риф харизматичного Ронни, который вдохновляет местных обитателей на подготовку к водному шоу в стиле Cirque De Soleil. Радость и восторг среди жителей Рифа достигают апогея, но они не подозревают, что за веселым фасадом скрывается опасность. Ронни - посланник акул, его миссия - отвлечь внимание обитателей Рифа и обеспечить захвату их дома.
Пай, предвидя угрозу, пытается предупредить соседей о коварных планах Ронни, но ему приходится столкнуться с недоверием и равнодушием. Вопреки всему, он продолжает свои тренировки, осознавая, что только его умения могут спасти Риф от надвигающейся опасности. Сюжет фильма "Риф 3D" разворачивается вокруг напряженной борьбы за выживание и дружбу между необычными союзниками в мире, где каждая минута может стать решающей.
