В центре сюжета фильма "Метаморфозы: Фактор чужого" - генетическая лаборатория, где ученые получают ткань инопланетного происхождения. Их целью становится изучение ДНК пришельца и попытки скрестить его с геномами земных животных. Однако эксперименты принимают неожиданный оборот: вместо ожидаемого результата, животные начинают трансформироваться, полностью заменяя чужеродное ДНК своим собственным. В результате появляются мутированные твари, которые становятся новыми объектами для исследований.
В ходе одного из экспериментов ученый становится жертвой одной из таких монстров - его кусает одна из трансформированных тварей. После этого с ним начинают происходить жуткие изменения: заражение прогрессирует, и он постепенно теряет человеческий облик. Сотрудники лаборатории наблюдают за этим процессом, не в силах остановить его.
Трансформация ученого достигает критической точки, после чего он превращается в опасное существо. Монстр начинает атаковать персонал лаборатории: сначала одного сотрудника, затем охранника, который приходит на шум. В конце концов, монстр убегает из заточения и начинает охотиться по коридорам здания.
Теперь ученые становятся потенциальной добычей для генетического монстра, который рыщет в поисках новой жертвы. События фильма разворачиваются в напряженной атмосфере научного учреждения, где каждый может стать следующей целью чудовища, созданного собственными руками человечества.