В центре сюжета фильма "Сорок первый" - гражданская война в Средней Азии, где отряд красноармейцев ведет бои против белогвардейцев. Главная героиня, Марютка, отличается от своих товарищей необычайным мастерством стрельбы: на ее счету уже сорок убитых врагов. В одной из перестрелок она захватывает в плен поручика Говоруху-Отрока, который становится потенциальной целью номер сорок один.
Сценарий разворачивается в пустынных пейзажах, где пески сливаются с небом и морем. В этих условиях, когда вокруг никого нет, кроме двух противников, начинается игра чувств и взаимопонимания между Марюткой и поручиком. Они оказываются один на один, отрезанные от своих отрядов, что заставляет их переосмыслить свои убеждения и моральные принципы.
Фильм исследует тему войны не только как серии сражений, но и как внутреннего конфликта каждого солдата. Марютка и Говоруха-Отрок вынуждены столкнуться лицом к лицу со своими страхами и желаниями, а также с моральной дилеммой - что важнее: долг перед своей стороной или человеческое сострадание.
История повествует о сложных отношениях между врагами на фоне жестоких событий войны. Их взаимодействие заставляет задуматься о том, как война искажает представления людей о праве и неправе, о друзьях и врагах, и что может случиться, когда человек оказывается в изоляции от общепринятых норм и правил.
