Во время Второй мировой войны, на Гавайских островах, американские военные моряки сталкиваются с жестокой реальностью подводной битвы против японцев. После атаки на Перл-Харбор враг продолжает наносить удары по флоту США, и одна из подводных лодок оказывается на дне океана. Капитан Ричардсон выживает и возвращается на берег, где его жгучая жажда мести находит выход: он назначается капитаном новой субмарины "Нерка". Однако команда не приветствует его руководство, предпочитая в качестве капитана Джим Бледсо. На борту разгорается напряжение между офицерами и матросами.
Капитан Ричардсон настаивает на ежедневных учениях по погружению, что вызывает недовольство среди экипажа. Но эти упорные тренировки вскоре окажутся ключом к успеху в битве с японскими кораблями. Знание подводного рельефа и мастерство быстрого погружения становятся решающими факторами, когда "Нерка" сталкивается лицом к лицу с врагом.
Фильм "Идти тихо, идти глубоко" - это напряженная драма о мужестве, выносливости и искусстве ведения подводной войны. Сюжет сосредоточен на психологической борьбе внутри экипажа и их стремлении к победе над японским флотом, используя тактическое превосходство в погружении и маневрировании под водой.