В центре сюжета фильма "Девушки в униформе" - история 14-летней Мануэлы фон Майнхардис, которая становится ученицей строгой школы-интерната для дочерей прусских офицеров. В этом учебном заведении царит жесткая дисциплина и порядки напоминают военные. Всеми делами в школе управляет фрау директор, которую сравнивают с Фридрихом Великим в юбке.
Мануэла быстро привязывается к одной из учительниц - фройляйн фон Бернбург, которая обладает не только красотой, но и добротой. Между девочкой и её наставницей возникает взаимная симпатия, хотя учительница старается сдерживать свои чувства.
Кульминационный момент наступает после школьной постановки пьесы, когда Мануэла в роли принца и под влиянием пунша публично признаётся в любви к фройляйн фон Бернбург. Это вызывает бурю негодования у фрау директора, которая осуждает подобные чувства как греховные и решает исключить Мануэлу из школы.
Фильм "Девушки в униформе" затрагивает тему лесбийской любви среди школьниц, что было довольно смелым шагом для кинематографа 1930-х годов. Сюжет поднимает вопросы свободы личности и самовыражения в условиях строгой дисциплины и социальных норм.