Фильм "Богоматерь убийц" погружает зрителя в мир жестокости и страсти, разворачиваясь на фоне наркоимперии Медельина. Фернардо Вальехо, стареющий писатель, возвращается в свой родной город после трех десятилетий отсутствия и сталкивается с безумным миром, где жизнь не имеет ценности. Его внимание привлекает Алексис - шестнадцатилетний мальчик-проститутка и убийца, для которого смерть других стала привычным делом.
Между ними вспыхивает страстная и опасная связь, отражающая хаос окружающего мира. Алексис убивает без раздумий, а Фернардо, в свою очередь, пытается найти в этом разрушенном мире искру человечности, которую он видит в своем молодом любовнике.
Трагедия настигает их: Алексиса сбивает мотоциклист. Опечаленный потерей, Фернардо начинает поиски убийцы своего возлюбленного, блуждая по улицам, где каждое воспоминание о совместных днях напоминает ему о безжалостности жизни.
В поисках утешения писатель встречает Уилмара - молодого человека, который необычайно похож на Алексиса. Для Фернардо это становится началом новой любви, словно его потерянный любовник воскрес в новом обличье. Фильм оставляет зрителя с ощущением безысходности и одновременно надежды, показывая, как человеческие чувства могут процветать даже в самом мрачном и жестоком мире.