В центре сюжета фильма "На третий день" - Сесилия, которая вместе со своим сыном Мартином попадает в серьезную аварию. После двух дней, проведенных в беспамятстве, она приходит в себя в больнице, но ее память отказывается служить ей - женщина не помнит ничего из произошедшего. Сложнее всего для Сесилии становится осознание того, что Мартин пропал, и его след теряется.
Страх за судьбу сына побуждает Сесилию на побег из больницы, несмотря на свое тяжелое состояние. Её поиски приводят к неожиданной встрече с человеком, который стал причиной катастрофы - религиозным фанатиком. Эта встреча открывает перед ней ужасающую правду: она стала объектом манипуляций психопата, который намерен завершить свой странный ритуал любой ценой.
Теперь Сесилия должна не только найти своего сына, но и вырваться из лап маньяка, который играет с ее жизнью как с пешками в своей извращенной игре. Каждый шаг может стать последним, а каждое новое открытие приближает к разгадке тайны, окутывающей их всех. Время работает против Сесилии, и она должна действовать быстро, чтобы спасти Мартина и выжить сама.