В центре сюжета фильма "Мальчишку звали Капитаном" - история Яши Гордиенко, мальчишки из Одессы, чьё имя стало легендой в годы Великой Отечественной войны. С детских лет Яша мечтал о морских приключениях и покорении океанов, но судьба распорядилась иначе. В период нацистской оккупации он стал связным партизанского отряда, проявляя необычайное мужество и отвагу в борьбе против захватчиков.
Яша Гордиенко, прозванный своими товарищами Капитаном, был расстрелян фашистами после того, как его выдал предатель. Его жизнь оборвалась слишком рано, но память о нем жила и продолжает жить в сердцах людей. Именем Яши названы улицы и морские суда в Одессе - городке, который стал для него не только родиной, но и ареной героической борьбы.
Фильм основан на реальных событиях и документальной повести Григория Карева "Твой сын, Одесса", рассказывающей о деятельности партизанского отряда Молодцова-Бадаева в оккупированной Одессе. Это история о несокрушимом духе сопротивления, о дружбе и вере в победу, которая преодолевает все трудности и предательство.