В центре сюжета фильма "Агент президента" - офицер морского флота Ричард Перри, который получает от президента Уильяма МакКинли тайное задание. В начале XX века в США разгул банковских ограблений, и спецслужбы бессильны остановить преступников. Президент отправляет Перри на поиски банды, информация о которой известна только им двоим.
Ричард проникает в криминальный мир, превратившись в Джо Патрика Ричарда, и встречает Лил - ночную певицу из кафе "Капитолий" в Сент-Поле. Неожиданно для героя это место оказывается казино, где работает сводный брат Лил Батист вместе с партнером Джоком Рэмсеем. Они-то и являются грабителями.
Перри устраивает ограбление ювелирного магазина так, чтобы подставить Батиста, но влюбленная в него Лил не позволяет брату расправиться с Ричардом. Так он становится частью банды. Лил пытается убедить Ричарда покинуть город, ведь она догадывается о темных делишках брата.
Сложности усугубляются из-за ревности Джока к Ричарду и Лил. После очередного ограбления на героев устроена облава, в результате которой Батист погибает, а Перри с Рэмсеем арестованы и приговорены к смерти.
В тюрьме Ричард узнаёт имя информатора и отправляет президенту послание с условным знаком. Однако на президента совершается покушение, и он умирает, не приходя в сознание. Теперь Перри рискует погибнуть как преступник, несмотря на свою верность долгу и попытки предотвратить преступления.
