После таинственной катастрофы американской подводной лодки у берегов острова Гуам возникают опасения о возвращении Годзиллы, легендарного монстра, который когда-то уже угрожал Японии. Адмирал Татибана уверен в его причастности к происшествию и отправляет свою дочь Юрико на поиски истины. В ходе расследования она встречает старика Исаяму, который рассказывает о трех могущественных существах: Кинг Гидоре, владыке небес; Мотре, хозяйке морей; и Барагоне, защитнике земной тверди. Эти монстры, кажется, способны противостоять Годзилле и предотвратить его гневные атаки на Японию.
Юрико пытается собрать информацию о серии странных событий, происходящих в разных частях страны, которые могут быть связаны с этими мифическими существами. В то время как адмирал Татибана готовится к возможной обороне от Годзиллы, его дочь продолжает свое расследование, которое приводит ее к открытию древней легенды о трех монстрах.
Сюжет фильма переплетается с мифологией и историей франшизы, игнорируя события предыдущего фильма "Годзилла против Мегагируса" и устанавливая связь с первым фильмом о Годзилле и американской картиной 1998 года. В центре истории - борьба за выживание и защиту человечества от возможного возвращения короля монстров, а также поиски доказательств его присутствия и способов противостояния ему.
