Фильм "Сисси: Трудные годы императрицы" продолжает историю молодой Елизаветы, уже ставшей императрицей Австрии. Она активно участвует в воспитании детей и государственных делах, сталкиваясь при этом с интригами своей свекрови. В поисках покоя для своего семейства, Елизавета вместе с графом Андраши отправляется в Венгрию, где пытается уладить конфликт между дворянством и властью.
Однако их миссия заканчивается слухами о романе императрицы, распространяемых эрцгерцогиней Софи. Несмотря на успешное разрешение венгерского вопроса, Елизавета тяжело заболевает и вынуждена отправиться в Грецию для лечения. После выздоровления она спешит к мужу Францу-Иосифу, чтобы опровергнуть обвинения и восстановить свою репутацию.
Далее следует путешествие по итальянским владениям Австро-Венгрии, где Елизавета сталкивается с недовольством местной знати. Однако её благородство и величие покоряют даже самых упрямых критиков, и они склоняют головы перед царственной четой. В этом фильме раскрываются новые страницы жизни императрицы, показывающие её силу духа и способность преодолевать трудности на пути к миру в империи.
