Фильм "Гомункул" рассказывает историю Сусуму Накоси, 34-летнего мужчины, который потерял все: работу в страховой компании, дом и даже память о своем прошлом. Он стал бездомным, проводя ночи в машине, и страдает от амнезии и эмоциональной пустоты. В его жизни наступает поворот, когда студент-медик Манабу Ито предлагает ему стать участником эксперимента.
Эксперимент заключается в необычной медицинской процедуре - просверливании отверстия в черепе Сусуму. Несмотря на риски, он соглашается, надеясь обрести утраченные воспоминания и чувства. После операции происходит нечто неожиданное: когда Накоси закрывает правый глаз, его левый начинает видеть гомункулов - мифических существ, созданных алхимиками в лабораторных условиях.
Эти существа, согласно древним представлениям, должны были быть искусственными людьми. В современном контексте термин "гомункул" также используется для обозначения кортикального гомункулуса - визуального изображения тела с искаженным масштабом частей, отражающего активность различных зон мозга.
Таким образом, герой фильма оказывается в центре загадочного явления, которое заставляет его переосмыслить свое существование и поиски смысла. Фильм "Гомункул" исследует темы идентичности, восприятия реальности и границ человеческого познания.