Фильм "Онода" рассказывает историю младшего лейтенанта Хиро Оноды, который во время Второй мировой войны защищал остров Лубанг от союзных войск. После официального объявления капитуляции Японии в 1945 году, Онода и его отряд отказались верить в это, считая информацию вражеской пропагандой. Они продолжили партизанскую деятельность в джунглях Филиппин, где Онода оставался неуловимым для местных властей и международных сил на протяжении почти трех десятилетий.
Онода был подготовлен к длительной партизанской войне и использовал свои навыки для совершения множества нападений. Его действия привели к гибели 30 человек и ранениям более сотни, включая военных и гражданских лиц. Несмотря на усилия властей по его захвату или устранению, Онода продолжал свою борьбу, убежденный в том, что война еще не окончена.
В 1974 году ситуация изменилась, когда один из бывших соратников Оноды, который сдался ранее, передал ему письмо от его матери. В нем было сказано, что Япония действительно капитулировала и призывалось прекратить сопротивление. После долгих раздумий и осознания того, что он больше не воюет за свою страну, Онода сдался филиппинским властям 10 марта 1974 года.
После возвращения в Японию Хиро Онода начал новую жизнь, переехав в Бразилию. Там он женился и стал председателем "Школы природы", которая занималась социализацией японской молодежи. За свою работу с молодыми людьми он был удостоен множества наград, включая японскую Медаль Почёта и бразильскую медаль Сантоса-Дюмона ВВС.
Фильм фокусируется на необычной судьбе и моральных дилеммах Оноды, показывая его как символ непоколебимой верности долгу и одновременно человека, оказавшегося в ловушке времени.