В центре сюжета фильма "Ниндзя" - история американца Кейси, который обучается искусству ниндзюцу в Японии под руководством своего наставника. Ниндзя в средневековой Японии были не только воинами, но и мастерами шпионажа, обмана и внезапных атак. Их предшественники могли появиться еще в XII веке, однако как специально обученные агенты они возникли в XV веке во времена хаоса и войн периода Сэнгоку.
Кейси отправляется в Нью-Йорк по поручению своего сэнсэя, чтобы защитить Ёрой Бицу - мощное оружие последнего клана ниндзя Кога. Это задание становится для него испытанием, ведь он оказывается в мире, где его навыки и принципы ниндзюцу должны быть применены по-новому.
В большом городе Кейси сталкивается с опасностями и интригами, которые требуют от него не только физической силы и ловкости, но и умения адаптироваться к современной реальности. Защита Ёрой Бицу становится делом чести для ниндзя, ведь это оружие может перевернуть баланс сил в руках неправильных людей.
Фильм "Ниндзя" сочетает в себе элементы триллера и боевика, показывая борьбу одного человека против преступного мира. Кейси должен использовать все свои навыки ниндзя, чтобы предотвратить попадание Ёрой Бицу в руки врагов клана Кога. Сюжет наполнен динамичными сценами боя и интригами, где каждый шаг героя важен для достижения цели - сохранения древнего наследия ниндзя.