В последние дни Второй мировой войны бывший камикадзе Коити Сикисима сталкивается с чудовищем, которое изменит его жизнь навсегда. Посадив самолёт на острове Одо, он оказывается лицом к лицу с Годзиллой - так местные называли огромного ящера, появившегося из ниоткуда. Возвращение в разрушенный Токио не приносит облегчения: родители Коити погибли, дом уничтожен. Но жизнь продолжается, и он находит силы помогать другим выжившим.
Среди них - девушка с младенцем, потерявшая семью во время налёта. Со временем они создают маленький оазис тепла в хаосе послевоенных разрушений. Коити работает по обезвреживанию мин в Токийском заливе, и вот тут-то их путь снова пересекается с Годзиллой. Только теперь монстр стал ещё больше и опаснее - последствия ядерных испытаний на атолле Бикини сделали своё дело.
Фильм "Годзилла: Минус один" переносит зрителя в послевоенную Японию, где человеческие трагедии переплетаются с мифом о великом чудовище. Это история о выживании и борьбе за мирное будущее в условиях, когда сама природа кажется враждебной.