В подземельях Нью-Йорка четверо черепашек и крыса по имени Сплинтер пережили необычное событие - они вступили в контакт с радиоактивными отходами, что привело к их мутации. Черепашки Леонардо, Рафаэль, Микеланджело и Донателло обрели человеческий рост и разум, а Сплинтер, ранее живший у мастера ниндзя-цу, обучил их искусству боя.
Подружившись с тележурналисткой Эйприл О’Нил и ее другом Кейси Джонсом, черепахи вышли на борьбу со злом в своем городе. Их противниками стали такие враги, как Бакстер Стокман и Крэнг, а главным антагонистом выступает загадочный Шреддер.
Черепашки-ниндзя стали настоящими героями для местных жителей, особенно среди молодежи, помогая снизить уровень преступности. Их необычная судьба и умение владеть мечами катаной сделали их легендами улиц Нью-Йорка, а их приключения полны драматизма и юмора.
Фильм сочетает в себе элементы комедии, боевика и фантастики, показывая удивительные способности мутировавших черепашек и их дружбу с человеком. Это история о необычной семье, которая выбрала путь борьбы за справедливость и защиту своего города от преступных элементов.