Уилл Хантинг - неординарный молодой человек из Бостона, чьё бунтарское поведение скрывает глубокий интеллект. Он работает уборщиком в Массачусетском технологическом институте, но его талант к математике замечает профессор Джеральд Ламbeau. После очередного конфликта с полицией Уилл оказывается на грани тюремного заключения, однако профессор берёт его под своё крыло и предлагает альтернативу - курс психотерапии.
Встреча с психологом Чарльзом Сэвиджем начинается со взаимной неприязни. Уилл не доверяет специалисту, а тот, в свою очередь, сталкивается с закрытостью и агрессией клиента. Однако постепенно между ними зарождается дружба. Сэвидж помогает Уиллу осознать свои страхи и комплексы, связанные с социальным происхождением и отношениями с близкими.
Уилл также вступает в отношения с Скиппер, девушкой из высшего общества, что добавляет сложности в его жизнь. Он боится потерять её, так как не верит в возможность их союза на равных. В то же время Уилл получает предложение от профессора переехать в Калифорнию и работать над важным проектом, что ставит перед ним выбор между личными отношениями и профессиональным ростом.
Фильм исследует темы классовых различий, самоидентификации и поиска своего места в жизни. Уилл Хантинг - это история о внутренних борьбах человека, который стремится преодолеть свои страхи и предрассудки, чтобы найти путь к счастью и самопознанию.