Фильм "Хитмэн: Агент 47" представляет собой экшн-триллер, который является киноверсией популярной серии видеоигр о наёмном убийце с тем же именем. Главный герой, Агент 47, создан благодаря генной инженерии и обладает необычайными способностями, что делает его идеальным исполнителем заказов.
В центре сюжета - поиски главной героини по имени Катя, которая пытается разгадать тайны своего происхождения. Её путь пересекается с Агентом 47, когда она узнаёт о существовании организации, занимающейся созданием супервоинов через генную инженерию. Кате помогает в её поисках Джон Смит - мужчина, который также связан с этой организацией и обладает знаниями, которые могут пролить свет на происхождение главной героини.
События фильма разворачиваются после того, как Катя становится целью для устранения со стороны тех же людей, что когда-то создали Агента 47. В ходе погонь и перестрелок она сталкивается с Агентом 47, который изначально был послан убить её, но по мере развития сюжета между ними возникает нечто большее, чем просто взаимное уничтожение.
Агент 47 начинает сомневаться в своих целях и мотивах организации, которая его создала. Он видит в Кате отражение самого себя и решает помочь ей найти ответы на вопросы о её прошлом. Вместе они пытаются разоблачить заговор, стоящий за созданием таких как он - безжалостных убийц с модифицированными генами.
Их союз приводит к серии опасных приключений и столкновений с другими Агентами, созданными той же организацией. Каждый из них обладает уникальными навыками и готовностью уничтожать любого, кто встанет на их пути. В погоне за истиной Катя и 47 обнаруживают, что ключ к разгадке тайн их прошлого скрывается в древнем ритуале, который может изменить ход истории.
Фильм исследует темы идентичности, морального выбора и последствий научных экспериментов над человеком. Герои сталкиваются с моральным дилеммой: использовать свои способности для уничтожения или же для защиты правды и справедливости. "Хитмэн: Агент 47" - это история о поиске себя, борьбе против системы, которая создала их, и стремлении к свободе выбора.