В центре сюжета фильма "Манхэттенский проект" - молодой гений Пол Стивенс, который обнаруживает, что его новый знакомый, мужчина, встречающийся с его матерью, занимается разработкой ядерного оружия. Стремясь доказать свое превосходство и обладая недюжинным умом, Пол решает проникнуть в лабораторию своего нового приятеля. Его цель - добыть плутоний для создания собственной ядерной бомбы.
Пол удается осуществить свой дерзкий план: он крадет необходимое количество радиоактивного материала и начинает работу над своим проектом. Однако, когда его действия становятся известны правительству, за ним начинают охоту спецслужбы. Пол понимает, что теперь не только его научные амбиции, но и жизнь находятся под угрозой.
В погоне за безопасностью и попытках избежать ареста, он объединяется с единомышленниками - молодым активистом по имени Джонни и его девушкой Элис. Вместе они пытаются скрыться от преследования и в то же время решают использовать свой нелегально созданный ядерный заряд для мирных целей.
Фильм "Манхэттенский проект" представляет собой напряженный триллер, где смешиваются элементы фантастики и реальности. Главный герой оказывается на грани между гением и преступником, его действия вызывают цепную реакцию последствий, которые затрагивают не только его жизнь, но и будущее всего мира.