В центре сюжета фильма "Три ниндзя" - трое братьев: Сэмьюел, Джеффри и Майкл, которые под руководством своего дедушки Мори Танака обучаются искусству ниндзюцу. Дедушка, мастер восточных боевых искусств, передает внукам свои знания, стремясь сделать из них настоящих воинов.
Однажды их спокойная жизнь нарушается появлением Хьюго Снайдера, давнего врага Мори. Снайдер - опасный преступник, за которым охотятся агенты ФБР, в том числе и отец мальчиков. Он планирует похитить детей одного из агентов, чтобы использовать их в качестве заложников и таким образом остановить преследование.
Однако Снайдер не подозревает, что его будущие жертвы обладают навыками ниндзя. Когда он нанимает троих неуклюжих помощников для осуществления своего плана, они сталкиваются с неожиданным сопротивлением. Братья используют свои умения, чтобы защитить себя и своих близких, демонстрируя удивительную ловкость и мастерство в бою.
Фильм сочетает в себе элементы комедии и боевика, показывая, как юные ниндзя противостоят злодеям, которые недооценили их способности. "Три ниндзя" - это история о дружбе, семейных ценностях и неожиданной силе, которая может проявиться в самых маленьких героях.
